环氧乙烷色谱仪是一种非常有用的跟踪反应的手段，还可以用于柱色谱分离中合适溶剂的选择。常用的固定相有氧化铝或硅胶，它们是极性很大(标准)或者是非极性的(反相)。流动相则是一种极性待选的溶剂。
在大多数实验室的实验中，都将使用标准硅胶板。将溶液中的反应混合物点在薄板上，然后利用毛细作用使溶剂(或混合溶剂)沿板向上移动进行展开。根据混合物中组分的极性，不同化合物将会在薄板上移动不同的距离。
极性强的化合物会“粘”在极性的硅胶上，在薄板上移动的距离比较短。而非极性的物质将会在流动的溶剂相中保留较长的时间从而在板上移动较大的距离。化合物移动的距离大小用Rf值来表达。这是一个位于0～1之间的数值，它的定义为：化合物距离基线(先点样时已经确定)的距离除以溶剂的前锋距离基线的距离。
如何排除环氧乙烷色谱仪气泡溢出故障
流动相内产生都无法清除不断产生的气泡，主要是因为过滤器长期沉浸于乙酸铵等缓冲液内，过滤器内部由于霉菌的生长繁殖，形成菌团，阻塞了过滤器，缓冲液难以流畅地通过过滤器，空气在泵的压力作用下经过滤器进入流动相。
过滤器浸泡于5%硝酸溶液中，超声清洗几分钟即可；亦可将过滤器浸泡于5硝酸溶液中12～36小时，轻轻震荡几次，再将过滤器用纯水清洗几次，打开泄压阀，打开purge键清洗脱气，如仍有气泡不断从过滤器冒出，继续将过滤器浸泡于5%硝酸溶液中，如没有气泡不断从过滤器中冒出，说明过滤器内部的霉菌菌团已被硝酸破坏，流动相可以流畅地通过过滤器。打开泄压阀，打开泵，流速调至1.0～3.0ml/min，纯水冲洗过滤器1小时左右。即可将过滤器清洗干净。关闭泄压阀，纯甲醇冲洗半小时即可。
