在线氢气发生器作为氢气制备源对混入空气杂质的把关尤为重要。常压启动输出均会出现空气混入系统内部或管路内部的可能，造成氢气中混有其他杂质，影响分析实验结果的准确性，一旦氢空混合达到爆炸限度必会造成安全隐患。
使用时应注意流量指示是否与色谱仪用气量一致，如流量指示超过色谱仪实际用量较大时，应停机检漏，其方法参照仪器的故障原因与排除方法进行调整，再用自检方法检查合格后方可使用。
氢分子和氢原子是所有化学元素中小的分子和原子，如把钯的单晶结构考虑成为面心立方体，立方体的八个角为八个钯原子所占有，六个面的中心部分为六个钯原子所占有，在这个钯原子的密集堆积中，只有在钯管表面能发生离解的氢原子才能通过，而其它元素的原子和分子，其直径都大于钯原子密集堆积的间隙，故不能通过。钯扩散法纯化氢就是利用这个原理，扩散透过钯管的氢。
在线氢气发生器使用中，氢气从电解槽电解出来之后，都需要经过净化才能供气相色谱仪使用，在线氢气发生器中氢气是怎样进行净化的呢？
1、硅胶/分子筛净化系统
在室温下使用硅胶初步脱水，分子筛进一步脱水。当硅胶吸附水分之后，会由天蓝色变为粉红色，应当及时更换。
2、变压吸附净化系统
在高压下吸附剂将气体中的杂质吸附，目标气体(H2)被吸附相对较少，穿过吸附层成为所需的产品气；在低压下，被吸附的杂质气解吸出来。这样的过程反复循环，得到足量的产品气(H2)。
3、钯薄膜净化系统
利用高温下只有氢原子才能穿透钯银合金薄膜的特性来进行净化。当氢原子穿透钯银合金薄膜之后，在钯薄膜的另一侧，单原子氢重新组合为双原子氢气。
